Ett ambitiöst EG-finansierat forskningsinitiativ om epigenetik framåt mot systembiologi 10/2

Kvalitetskontroll, trimning och justering av Bisulfite-Seq-data (Prot 57) Felix Krueger, Simon R Andrews

Introduktion
Dramatiska förbättringar och fallande kostnader för sekvensering med hög genomströmning har gjort bisulfitsekvensering (BS-Seq) till ett genomförbart alternativ för global analys av DNA-metylering (Bock et al, 2011; Li et al, 2010; Lister et al, 2009; Lister et al. , 2011; Meissner et al, 2008; Stadler et al, 2011; Xie et al, 2012). Analysen av metylering erhållen från BS-Seq är relativt rakt framåt, men man bör vara noga med inledande kvalitetskontroll, trimning och lämplig inriktning av BS-Seq-bibliotek eftersom dessa är mottagliga för en mängd fel eller förspänningar som man förmodligen skulle kunna komma undan med i andra sekvenseringsapplikationer (diskuteras i (Krueger et al, 2012)).

Detta protokoll tar dig igenom vart och ett av de enskilda steg som vi rutinmässigt tar för BS-Seq eller Reduced Representation Bisulfite-Seq (RRBS) data [i vår korta guide till RRBS diskuterar vi några ytterligare punkter som är specifikt relevanta för RRBS-typ experiment ( RRBS_Guide)]. Sekvenseringsfiler som kommer färska från sequencer genomgår först (1) initial kvalitetskontroll, sedan utsätts för (2) kvalitet- och adapter-trimning innan (3) bisulfitläsningarna justeras till ett genom. Alternativt kan resultaten (4) filtreras efter att inriktningarna har utförts. Denna procedur ger en slutlig uppsättning metyleringsdata som kan analyseras för att svara på dina biologiska frågor av intresse.

PDF-version

Felix Krueger, Simon R Andrews

Bioinformatics Group, The Babraham Institute, Cambridge, CB22 3AT, Storbritannien

Motsvarande författare: Felix Krueger & Simon R Andrews E-post feedback till: felix.krueger@babraham.ac.uk

Kommentarer #
1 mycket användbart – Gäst 2015-03-27 10:35

mycket användbart, tack för att du delar detta protokoll för DNA-metylering‍‍
Citat

# 2 Mycket hjälpsam! – Gäst 30-07-2018 08:50

LEAVE A REPLY

Please enter your comment!
Please enter your name here