Een ambitieus, door de EG gefinancierd onderzoeksinitiatief over epigenetica op weg naar systeembiologie 10/2

Kwaliteitscontrole, bijsnijden en uitlijnen van Bisulfite-Seq-gegevens (Prot 57)
Felix Krueger, Simon R. Andrews

Invoering
Dramatische verbeteringen en dalende kosten van sequencing met hoge doorvoer hebben bisulfietsequencing (BS-Seq) tot een haalbare optie gemaakt voor de globale analyse van DNA-methylatie (Bock et al, 2011; Li et al, 2010; Lister et al, 2009; Lister et al. , 2011; Meissner et al, 2008; Stadler et al, 2011; Xie et al, 2012). De analyse van methylering verkregen uit BS-Seq is relatief ongecompliceerd, maar zorg moet worden besteed aan initiële kwaliteitscontrole, trimmen en geschikte uitlijning van BS-Seq-bibliotheken, aangezien deze vatbaar zijn voor een verscheidenheid aan fouten of vooroordelen die waarschijnlijk weg kunnen komen met in andere sequentietoepassingen (besproken in (Krueger et al, 2012)).

Dit protocol leidt u door elk van de afzonderlijke stappen die we routinematig nemen voor BS-Seq- of Reduced Representation Bisulfite-Seq (RRBS) -gegevens [in onze korte gids voor RRBS bespreken we enkele aanvullende punten die specifiek relevant zijn voor experimenten van het RRBS-type ( RRBS_Guide)]. Sequencing-bestanden die vers uit de sequencer komen, ondergaan eerst (1) initiële kwaliteitscontrole, worden vervolgens onderworpen aan (2) kwaliteits- en adapter-trimmen voordat (3) de bisulfiet-uitlezingen worden uitgelijnd met een genoom. Eventueel kunnen de resultaten (4) worden gefilterd nadat de uitlijningen zijn uitgevoerd. Deze procedure levert een laatste set methyleringsgegevens op die kunnen worden geanalyseerd om uw biologische vragen te beantwoorden.

Pdf-versie

Felix Krueger, Simon R. Andrews

Bioinformatics Group, The Babraham Institute, Cambridge, CB22 3AT, Verenigd Koninkrijk

Corresponderende auteur: Felix Krueger & Simon R Andrews E-mail feedback naar: felix.krueger@babraham.ac.uk

Opmerkingen
# 1 erg handig – Gast 2015-03-27 10:35

erg handig, bedankt voor het delen van dit protocol voor DNA-methylatie‍‍ Citaa

t # 2 Zeer nuttig! – Gast 2015-07-30 08:50

LAAT EEN REACTIE ACHTER

Please enter your comment!
Please enter your name here